Velitelská rota 41. mechanizovaného praporu vznikla ve stejný den, kdy vznikl 41. mechanizovaný prapor. Skládá se z velitelské čety, spojovací čety, ženijní čety, průzkumné čety, skupiny odstřelovačů.
Velitelská četa
Zabezpečuje výstavbu místa velení praporu a jeho ochranu a obranu. Ve struktuře velitelské čety je družstvo radiačního a chemického průzkumu, které provádí průzkum jak v prostoru místa velení, tak i v zájmovém prostoru při rozmístění rot v prostoru soustředění a v zájmovém prostoru při vedení bojové činnosti.
Spojovací četa
Zabezpečuje spojení v rámcivpraporu mezi štábem a jednotkami a spojení s nadřízeným stupněm. Pro zajištění spojení jsou využívány jak spojovací prostředky, tak i datové sítě. Dále zabezpečují funkčnost retranslačních uzlů. V sestavě spojovací čety je také prostředek taktického místa velení velitele praporu pro velení při bojových činnostech praporu.
Ženijní četa
V bojové činnosti je přímo podřízena veliteli praporu, který řídí její činnost při budování ženijních ochranných staveb při vedení bojové činnosti praporu. Vojáci ženijní čety provádí výcvik s ostrou ženijní municí. Jsou schopni provést stromovou záseku, zřídit minová pole, vybudovat okopy pro bojovou techniku v obranném postavení, připravit mosty k ničení, vytvořit průchody v minových polích, zřídit protitankové a protipěchotní nevýbušné i výbušné zátarasy, provést průzkum vodní překážky a průzkum osy přesunu. Ženijním strojním družstvem je ženijní četa schopna vybudovat okopy pro bojovou techniku, velitelsko-pozorovací stanoviště velitele praporu, přistávací plochu pro vrtulníky, vybudovat brodypřes vodní překážky, opravit neprůjezdnou komunikaci, vybudovat obranná postavení ve prospěch mechanizovaných jednotek v obranných postaveních.
Průzkumná četa
Ve své sestavě má čtyři samostatně fungující průzkumné skupiny, které jsou v případě bojové činnosti přímo podřízené veliteli praporu s odborným řízením zpravodajskou skupinou štábu praporu. Úkolem průzkumných skupin je zjišťování informací o technice, materiálu a síle nepřítele v zájmovém prostoru praporu a jejich rozmístění.
Skupina odstřelovačů
Rozdělena je na čtyři týmy, které jsou schopni a samostatně ze značné vzdálenosti podporovat bojovou činnost vlastních jednotek. V bojové činnosti praporu jsou podřízeni veliteli praporu, který je v případě potřeby přiděluje mechanizovaným rotám pro jejich podporu bojové činnosti.
